Il Convento di San Pio nacque sopra i resti di una antica villa imperiale romana probabilmente abitata anche da Antonino Pio, imperatore romano dal 138 al 161. Fu edificato a seguito della Bolla di Pio II del 1458. Dopo la soppressione voluta da Napoleone venne ripristinato nel 1815 e dal 1880 fu libera proprietà del Beato Patrich Glyid di Limerick in Irlanda. I padri agostiniani irlandesi lo hanno restaurato ed ampliato. Subito affiancata sorge la Chiesa di San Pio coeva al convento. Nel 1660 venne costruita la Sacrestia e tolta la guglia al campanile; nel 1745 restaurata con l’aggiunta di due speroni laterali e nel 1939 rifatta la facciata per opera dell’architetto Cesanelli, a spese della famiglia Clementi. Nal 2003 fu acquistato dai Padri Agostiniani del Santuario di Genazzano. Nel 2014 è stata ultimata la sistemazione del tetto e ristrutturato il campanile.
La Balaustra del Bernini, in marmo di Carrara, proveniente dalla chiesa di San Pio, donata al Santuario dai Padri Agosti- niani Irlandesi (1954).
L’iscrizione latina, disposta su sei linee di scrittura sull’architrave della porta centrale della chiesa e sulla sua cornice, è riferibile alle indulgenze concesse a voce da papa Pio II Piccolomini (1458-1464), al ritorno dalla ben nota visita a Subiaco, durante una sosta nella chiesa della Madonna del Campo di Genazzano, oggi S. Pio.
La Madonna del Campo venerata nella chiesa di San Pio è opera del pittore Antoniazzo Romano (1430/35 – 1508), fu commissionata da un Nardo di Matteo Arcangeli nel 1483. L’Immagine, portata nella chiesa di San Patrizio a Roma dagli agostiniani irlandesi, attualmente a Genazzano nel Santuario della Madre del Buon Consiglio.